引起男子阴茎畸形常见疾病是尿道下裂、阴茎硬结症(或称慢性阴茎海绵体炎)、双阴茎、隐匿阴茎。引起各种阴茎畸形的原因如下。
尿道下裂是一种先天性畸形，有时在一个家族中可连续几代出现这种先天性发育异常。阴茎硬结症患者多数是中年人。主要症状为阴茎结缔组织增生，在阴茎背侧有一个或几个硬的斑块和条索，当阴茎勃起时向上或向左右弯曲，并稍觉疼痛，如弯曲明显则影响性生活。损伤和炎症可能是诱发因素。一般采用保守治疗。阴茎弯曲的人关键是应查明原因，以便有针对性的治疗。
原来人在胚胎期第6周时，其原始性腺都是一样的，后来两侧的生殖腺在中线合并成生殖结节，这个生殖结节可以在将来发育成阴茎，也可发育成阴蒂，如胎儿为男性，体内的Y染色体就使性腺演变成睾丸，睾丸分泌的男性激素就使生殖结节逐步演变成阴茎；如果在此时母亲因患病、服药或外界环境的影响，使胎儿生殖腺未能合并成一个生殖结节，那么胎儿就可以在两个生殖结节的基础上发育成两个阴茎。
双阴茎虽不多见，但形状多种多样，而且常同时有身体上的其他畸形。一般可分两种类型：
一种是分支阴茎，即阴茎被纵形分隔为二，分隔可只发生在阴茎头部，而阴茎体是一个，因而呈“Y”型；也可以分隔在根部，而呈倒“Y”型。
另一种是完全分离的两个完整阴茎，但两个阴茎可以是完全分开的，也可以是相互依附在一起，有的左右并行，有的前后重复。两个阴茎可以各有尿道通向膀胱，因此两个可以同时排尿，也可以在不同时间分别排尿。有的则是一个有正常尿道的，而另一个是没有尿道的假阴茎。
双阴茎对人体健康一般并无危害，但是心理影响很大，患者常不愿去公开场合洗澡或游泳。治疗的方法须根据各人的情况而定，如有主有副而分离完全的，可以切除发育不好的阴茎而保留完好的；分支阴茎可将分隔开的两半阴茎互相缝合在一起；有些两个阴茎大小相等，且都有通向膀胱的尿道，手术就较困难，若勉强切除一个，外形也并不美观，只是功能上较为合理些，所以有时还得任其自然。
器质性病变引起的阴茎弯曲，一般有以下几种原因：
1、 尿道上、下裂。这是尿道在发育过程中，开口处的位置发生了异常。尿道开口在阴茎的背侧，称为尿道上裂；尿道开口在阴茎的腹侧，称为尿道了裂。尿道上、下裂者，常同时伴有尿道周围筋膜短缩和缺乏弹性，因此平时阴茎会向上或向下弯曲，勃起后弯曲更加明显。
2、 阴茎海绵体发育不对称，一侧较粗，一侧较细，勃起时阴茎就会向细的一侧弯曲，比较多见的是向左弯曲。
3、 阴茎损伤、跌伤、枪伤、刺伤等。在受伤时，一旦阴茎海绵体的白膜受伤、又未能及时修补，或发生血肿后又继发感染，这样白膜的扩张能力，就会因疤痕的形成而减退或消失，从而导致阴茎弯曲。此外，尿道手术不当、穿透尿道海绵体，长期留置导尿管发生炎症、侵及海绵体，也会造成阴茎弯曲。
4、 纤维性海绵体炎。这是由于阴茎海绵体的白膜发生纤维化改变，以致阴茎勃起时出现弯曲。在我国，这种情况比较少见。
